2000年1月に、銀行設立を目的とした日本電子決済企画株式会社として設立。銀行免許の予備審査が終了した2001年6月に、イーバンク銀行株式会社に商号変更し、銀行免許を取得した2001年7月23日から営業を開始。電子ネットワーク決済を業務の中核とした銀行であり、融資業務がないなど、従来の銀行とは大きく異なっている。2005年11月から販売開始した投資信託(機関投資家向けのヘッジファンドを小口化した「イーバンク・ヘッジファンドe501」といったユニークな独自商品も発売)では、人気ファンドをノーロード販売、2006年12月から開始した国内最低水準の為替手数料による外貨普通預金などネット銀行の低コスト体質を生かした商品展開を行っている。
当初、金融機関相互のネットワークである全国銀行データ通信システム(全銀ネット)に加盟していなかったため、イーバンク銀行相互以外の送金・入出金は大きく制限され、公共料金の自動振替にも使えなかった。しかし、2006年1月に全銀ネットに加盟し、それにともなって他行から同社口座を直接指定した振込ができるようになっている。全銀ネット加盟の準備として、2005年9月、支店コードに音楽に関係する支店名(例:「ジャズ支店」「ロック支店」「サンバ支店」など)が割り振られた。国内のネット銀行では最大の250万口座を誇り、2008年04月現在、ネット銀行最大手である。